После победы над последним Ангелом NERV сталкивается с более зловещей угрозой: когда Гендо Икари начинает подготовку к Третьему удару, на его подземный штаб нападают боевики Seele. Рей сливается с Лилит, и Синдзи оказывается перед выбором: будет ли человечество существовать дальше.