После победы над последним Ангелом NERV сталкивается с более зловещей угрозой: когда Гендо Икари начинает подготовку к Третьему удару, на его подземный штаб нападают боевики Seele. Рей сливается с Лилит, и Синдзи оказывается перед выбором: будет ли человечество существовать дальше.

Синдзи Икари, 14-летний сын начальника NERV Гендо Икари, в сериале "Эванглион" становится пилотом робота, замкнутым и необщительным подростком, страдающим от отчуждения отца. Подобные проблемы испытывают не только другие юные пилоты, но и взрослые сотрудники организации, от которых их начальство скрывает истинный смысл проекта.

Бывший полицейский Джет Блэк и человек с темным прошлым Спайк Шпигель не планировали увеличивать экипаж космического корабля "Бибоп", который является их домом и средством передвижения. Но в сети, расставленные для ловли зажиточных отбросов общества, попали Фэй Валентайн, очаровательная азартная игроманка с колоссальным долгом, Эд, потерянный компьютерный гений, и Эйн, якобы самая умная собака в мире. В таком составе команда Бибопа продолжает свою охоту за головами.