После победы над последним Ангелом NERV сталкивается с более зловещей угрозой: когда Гендо Икари начинает подготовку к Третьему удару, на его подземный штаб нападают боевики Seele. Рей сливается с Лилит, и Синдзи оказывается перед выбором: будет ли человечество существовать дальше.

Синдзи Икари, 14-летний сын начальника NERV Гендо Икари, в сериале "Эванглион" становится пилотом робота, замкнутым и необщительным подростком, страдающим от отчуждения отца. Подобные проблемы испытывают не только другие юные пилоты, но и взрослые сотрудники организации, от которых их начальство скрывает истинный смысл проекта.